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과학이야기2010/01/07 22:23

[책] 신의 언어

신의 언어
카테고리 인문
지은이 프랜시스 S. 콜린스 (김영사, 2009년)
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인간게놈프로젝트를 총지휘한 프랜시스  S 콜린스 박사가 쓴 "The language of God"이 한국말로 번역되어서 나왔다. 콜린스 박사는 인간게놈의 1차초안이 나왔을 때, 클린턴 대통령으로 하여금
오늘 우리는 하나님이 생명을 창조할 대 사용한 언어를 배우고 있습니다. 우리는 하나님이 내려준 가장 신성하고 성스러운 선물에 깃든 복잡성과 아름다움과 경이로움에 그 어느 때보다도 큰 경외심을 느끼게 되었습니다.
라는 문구가 들어간 연설을 하도록 신신당부한 사람이다. 유전학자이면서 하나님을 경외하는 사람이다. 

열렬한 무신론자였던 자신이 어떻게 신앙인이 되었는 지에 대한 신앙의 여정과 과학자로서의 삶의 여정들이 담겨져 있다. 특히 뉴스로 전해 듣던 인간게놈프로젝트를 진행할 당시의 이야기들이 담겨져 있어서 그 과정들을 큰 기대감과 호기심을 갖고 지켜봤던 나로써는 정말 재미있었다. 그리고 기적에 대해서 베이지안 정리를 쓴 것도 재미있었다. 아무래도 뿌리깊은 이과생이다 보니 과학자가 그리고 유전학자가 쓴 이 책이 재미있었던 것 같다. ^^

이 책도 "무신론 기자 크리스천 과학자에게 따지다"와 마찬가지로 "하나님께서 진화를 통해 인류를 창조하셨다"라고 믿는다라는 주장을 동일하게 하고 있는 책이다.
Posted by winnie79
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과학이야기2009/10/17 01:24

The PCR Song



The PCR Song

There was a time when to amplify DNA,

You had to grow tons and tons of tiny cells.

Then along came a guy named Dr. Kary Mullis

Said you can amplify in vitro just as well.

Just mix your template with a buffer and some primers,

Nucleotides and polymerases, too.

Denaturing, annealing, and extending.

Well it`s amazing what heating and cooling and heating will do.

PCR, when you need to detect mutations.
PCR, when you need to recombine.
PCR, when you need to find out who the daddy is.
PCR, when you need to solve a crime.


when you need to find out who the daddy is... :)
Posted by winnie79
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과학이야기2009/06/18 09:27

Cell biology: A grey's anatomy


http://www.nature.com/nature/journal/v459/n7249/full/459892a.html


제목에 낚였다. Nature의 Research Highlight에 Grey's anatomy라는 말이 떠서 넘 궁금해서 들어가보니 Stress (ionizing radition)를 받으면 쥐에 있는 melanocyte를 만드는 stem cell이 없어져서 털의 색깔이 grey로 바뀐다는 내용이었다. ^^;

Posted by winnie79
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과학이야기2009/06/08 14:12

[책] 무신론 기자, 크리스천 과학자에게 따지다.

무신론 기자 크리스천 과학자에게 따지다
카테고리 종교
지은이 우종학 (한국기독학생회출판부, 2009년)
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소식지에서 노간사님의 추천을 보고 즉시 사서 읽었다. 평소에도 관심이 많았던 분야이고, 관련 전공자이면서도 아무것도 안 하고 있다는 죄책감 쪼금 플러스 등등.

읽자마자 감상을 남겼어야 했는데, 벌써 한참 되어서 기억이 가물가물하다... 그래도 다시 읽었던 것을 떠올려 보면...

우선, 가상의 상황이라는 것이 조금 티가 나기는 하지만, 편하게 흐름이 끊기지 않으면서 읽을 수 있도록 전체적으로 잘 구성되어 있는 것 같다.
둘째, 진화론과 진화주의자 등의 관련 개념을 논리적으로 잘 설명해 놓았다. 그리고 전공자가 아니어도 쉽게 읽고 이해할 수 있는 평이한 문체로 쓰여졌다.
셋째, 저자가 책의 단원마다 관련 참고 서적을 표시해 놓으므로 처음 '신앙과 과학'의 문제를 처음 접하는 사람도 궁금한 부분을 더 깊게 공부할 수 있도록 한 것이 좋았던 것 같다.

얼마 전만해도 '진화를 통해 하나님께서 창조하셨을 수도 있다'라는 말을 하는 것이 한국 기독교에서는 무척 위험한 생각이었던 것 같은데, 이런 책이 나오는 것을 보면 조금 더 열려졌다라고 볼 수도 있는 것일까?

웹을 검색하다보니, 저자의 블로그를 발견하게 되었다. ^^;;; 참 세상 좁다.

http://solarcosmos.tistory.com/173 

그의 블로그에 가보니, 선배와 친구들과 이야기 했던 여러 책들에 대한 그분의 생각이 적혀 있었다. 틈틈이 읽어봐야 겠다.

Posted by winnie79
TAG 과학, 책
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과학이야기/나의 연구2009/01/10 07:30

Diseasome (세 번째 논문)

http://www.biomedcentral.com/qc/1471-2105/9/S12/S19

내가 first author로 쓴 세 번째 논문이 나왔다. 사실 이 논문은 일은 이전에 다 끝내놓고 나서도, 지금 쓰고 있는 졸업관련된 논문에 우선 순위가 밀려서, 과연 논문으로 마무리 할 수 있을 지 미지수였는데, 이 일을 전수 받은 언니의 도움으로 마무리했다.  논문으로 마무리 할 수 있어서 기쁘고 다행이다.

Posted by winnie79
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과학이야기/나의 연구2008/07/04 09:49

asthma 논문으로 인해

이 논문으로 인해 해외 독일 컨퍼런스(http://www.ehrlich-2008.org)에 oral speaker로 초대받았다. 비행기 값만 제외하고 모든 경비를 대준단다. ^^a 이전에도 이 논문으로 일본 컨퍼런스에 초대된 적은 있었지만, 모든 경비를 대주고 oral speaker로 초대받은 것은 이번이 처음이다. 신기하다. 겨우 논문 하나를 냈을 뿐인데...

그런데 좀 이상한 것은 oral speaker로 초대되어도 제출한 논문의 초록 심사를 거쳐서 결정한다고 한다. 그 사람들은 극구 아니라고 했지만, 학회의 질과 참여를 높이기 위한 수단이 아닌가 싶기도 하다. 그래도 통과하면 비행기값을 제외한 경비를 대준다고 하니, 교수님이 허락해주시면 갈 수도 있을텐데. 못 간다. 날짜가 10월 3~5일이다. T.T

채티처럼 유럽에 있고 임신이 아니었다면 당연히 갔겠지? ^^a
모든 것을 얻을 수는 없는 거니까. 마케팅의 전략이었든 아니었든 oral speaker로 초대된 기분은 좋다.
Posted by winnie79
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과학이야기/나의 연구2008/06/27 11:29

뉴스에 떴다. ^^a

http://news.naver.com/main/read.nhn?mode=LSD&mid=sec&sid1=105&oid=001&aid=0002148323

최근에 저널에 발표된 논문이 질병에 관련된 연구이다보니, 연합뉴스에 떴다.

다른 곳에서도 뉴스로 떴는데, 연합뉴스에서 취재한 것이다보니 다른 곳에서는 교수님 사진만 나왔는데, 연합뉴스에서는 내 사진도 나왔다. ^^a

더 열심히 해야지~ ^^v
Posted by winnie79
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과학이야기/나의 연구2008/06/02 11:24

두번째 논문: A protein interaction network associated with asthma

해외 저널에 실린 두번째 논문이다. 첫 번째 논문 연구보다 먼저 시작했던 연구인데, 논문 쓰는 것에 많이 서투르다 보니 시간이 더 많이 걸렸다. algorithm 논문으로는 첫 논문이다. ^^*

http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2008.02.011

A protein interaction network associated with asthma

Sohyun Hwanga, c, Seung-Woo Sonb, Sang Cheol Kimc, d,, Young Joo Kimc,, Hawoong Jeongb, and Doheon Leea,

Identifying candidate genes related to complex diseases or traits and mapping their relationships require a system-level analysis at a cellular scale. The objective of the present study is to systematically analyze the complex effects of interrelated genes and provide a framework for revealing their relationships in association with a specific disease (asthma in this case). We observed that protein–protein interaction (PPI) networks associated with asthma have a power-law connectivity distribution as many other biological networks have. The hub nodes and skeleton substructure of the result network are consistent with the prior knowledge about asthma pathways, and also suggest unknown candidate target genes associated with asthma, including GNB2L1, BRCA1, CBL, and VAV1. In particular, GNB2L1 appears to play a very important role in the asthma network through frequent interactions with key proteins in cellular signaling. This network-based approach represents an alternative method for analyzing the complex effects of candidate genes associated with complex diseases and suggesting a list of gene drug targets. The full list of genes and the analysis details are available in the following online supplementary materials: http://biosoft.kaist.ac.kr:8080/resources/asthma_ppi


졸업하려면 아직 한 두개의 논문을 더 써야하고, 박사과정 들어와서 처음 시작했던 연구인지라 연구의 깊이가 아주 깊지는 않지만, 졸업에 도움이 되는 첫번째 논문이고 수많은 Reject을 받으면서 논문 쓰는 것에 많은 가르침을 전수한 논문이기에 뿌듯하다. ^^*

Posted by winnie79
TAG science
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과학이야기/나의 연구2008/06/02 11:15

해외저널에 출판된 첫 논문: SNP@Ethnos

SNP@Ethnos: a database of ethnically variant single-nucleotide polymorphisms

Jungsun Park1,*, Sohyun Hwang1,2, Yong Seok Lee1,3, Sang-Cheol Kim4 and Doheon Lee2
Inherited genetic variation plays a critical but largely uncharacterized role in human differentiation. The completion of the International HapMap Project makes it possible to identify loci that may cause human differentiation. We have devised an approach to find such ethnically variant single-nucleotide polymorphisms (ESNPs) from the genotype profile of the populations included in the International HapMap database. We selected ESNPs using the nearest shrunken centroid method (NSCM), and performed multiple tests for genetic heterogeneity and frequency spectrum on genes having ESNPs. The function and disease association of the selected SNPs were also annotated. This resulted in the identification of 100 736 SNPs that appeared uniquely in each ethnic group. Of these SNPs, 1009 were within disease-associated genes, and 85 were predicted as damaging using the Sorting Intolerant From Tolerant system. This study resulted in the creation of the SNP@Ethnos database, which is designed to make this type of detailed genetic variation approach available to a wider range of researchers. SNP@Ethnos is a public database of ESNPs with annotation information that currently contains 100 736 ESNPs from 10 138 genes, and can be accessed at http://variome.net and http://bioportal.net/ or directly at http://bioportal.kobic.re.kr/SNPatETHNIC/.

http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/35/suppl_1/D711

정선이와 함께 co-first author인데, 위치를 양보했더니 양력 쓸 때마다 조금 신경쓰인다. -.-a

첫번째 논문이 algorithm 논문이 아니라 DB 논문이라 좀 아쉽기는 했지만, 논문의 기본을 알게 해준 고마운 논문이다.
Posted by winnie79
TAG science
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과학이야기2008/04/22 15:45

Prof. Bernhard O. Palsson 의 수업

교 수 명 : Prof. Bernhard O. Palsson (Univ. of California, San Diego)
교 과 목 : 생명화학공학의 최근동향 III (부제 : 시스템 생물학(Systems Biology))
강의시간 : 화, 목 14:30~16:30 (5월)
강 의 실 : 응용공학동 2116호 강의실
* 1학점 강의로 5월 한달동안 강의가 진행됩니다.

나도 학교에 있었으면 분명 들었을 텐데... 아쉽다. 모든 것을 다 얻을 수는 없는 거니까 ^^; 하나를 얻으면 하나를 잃는 거니까. 그래도 분명 잃는 하나에 비해 얻는 하나가 너무너무 귀한 거니까. ^^
Posted by winnie79
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